- la sclérose en plaques,
- le diabète de type 1,
- l'arthrite rhumatoïde,
- le lupus érythémateux,
- la thyroïdite auto-immune (ou thyroïdite de Hashimoto),
- la narcolepsie,
- la maladie cœliaque,
- la maladie de Crohn,
- le psoriasis,
- le syndrome de Guillain-Barré,
- le syndrome de Bickerstaff (ou encéphalite du tronc cérébral de Bickerstaff).
Dans 80 % des cas, les maladies auto-immunes touchent les femmes.