Les cellules couches se trouvent dans l’embryon, le fœtus, le sang de cordon et divers tissus de l’individu après sa naissance. Elles peuvent aussi être produites à partir de cellules adultes différenciées par manipulation génétique. Il s'agit alors de « cellules souches à pluripotence induite ».
La médecine dite régénérative (ou régénératrice) vise à réparer une lésion ou un organe malade au moyen de cellules souches.