Il est considéré qu'il y a eu trois « vagues » de thérapies cognitivo-comportementales :
La première, au début des années 1980, était surtout centrée sur l'aspect comportemental (acquisition de nouvelles habiletés, habitudes, compréhensions des facteurs influencent le comportement, etc..).
La deuxième était davantage centrée sur l'aspect cognitif. L'accent était mis sur la prise de conscience des liens entre pensées et émotions avec l'objectif de modifier les pensées dysfonctionnelles afin d'améliorer l'état émotif ou l'adaptation.
La troisième vague utilise moins la stratégie de modification des pensées et intègre certains apports de l'approche dite de la pleine conscience (mindfulness). Des thérapies connues de cette troisième vague sont notamment la psychothérapie d'acceptation et d'engagement et la thérapie de réduction du stress basée sur la pleine conscience.