Située dans le cerveau, une horloge maîtresse synchronise des horloges secondaires présentes dans les différents organes.
L'exposition à la lumière, qui passe par les yeux, est un facteur déterminant de l'établissement de ces rythmes.
La tombée et le lever du jour, notamment, déclenche et arrête la production de l'hormone mélatonine, qualifiée d'hormone de la nuit ou du sommeil, laquelle influence une diversité de processus biologiques qui sont rythmés de façon circadienne.
Des rythmes ultradiens, plus courts que 24 heures, ont aussi été identifiés.
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