Mais lorsque le stress est chronique, cette adaptation a des conséquences négatives sur plusieurs systèmes de l'organisme (cardiovasculaire, neuroendocrinien, inflammatoire, métabolique).
En plus de disposer à plusieurs maladies chroniques, ces conséquences auraient aussi pour résultat de diminuer graduellement la capacité de l'organisme à répondre adéquatement au stress.